辅助实验设计与全自动数据分析

实验设计

指令

我想利用GSE244574的数据集，通过差异表达、通路富集和CMAI相似性分析来推测我的化合物的靶点和作用机制。
接下来首先帮我详细设计研究计划，并和我讨论任何需要的信息，得到我的最终确认后再执行。

让小龙虾实现计算分析，需要以下关键提示词：

继续交互，可以让小龙虾完成公开数据集的解读和概览，同时问询下一步的分析工作。

指令

你通过查询和下载这个数据集，就可以了解到1和2，对于3我希望你能够选择你认为最适合的方式。

结合个人研究需求通过小龙虾帮助，完成完整的分析实验设计。

指令

我想让你用这个公开数据集来完整地跑一遍分析流程。

通过已有计划，可以选择让小龙虾执行需求部分，分析可以更加个性化。

指令

1. 先完成前四个阶段，第五个阶段我需要和你沟通完善；
2. 筛选标准合适；
3. 生成带有完整图表、示意图和参者文南的完整论文；
4. 对于CMAP的访问：你先使用2和3进行尝试，如果确认无法访问，那么再使用方法1，不要进行机制测。

分析结果也可以指向保存，包括结果，分析过程以及实现代码。也可以让小龙虾解决分析过程中的问题，自己debug。

指令

1. 把你本次分析创建的所有文件都整理一下，保存在一个文件夹中，分类存放；
2. 为什么无法进行通路富集分析和CMAP相似性分析？请你检查问题出在哪里，并且告诉我正确的的解决办法。

交互完成分析主要任务，已有分析数据，文本分析结果和分析脚本保存。

指令

首先进行1，再次尝试如果不能解决的话，再进行方法2

完成图像绘制，可以根据需求要求生成像素图或矢量图，也可以让小龙虾继续完善。

指令

进行可视化吧，要确保科研绘图的标准和风格。